1、内容不同

在毕业生就业协议当中，毕业生的义务是向用人单位如实地介绍自己的情况，并按时到用人单位进行报到。用人单位的义务是如实向毕业生介绍自己的情况，负责办理毕业生有关手续。学校的义务则是负责完成有关的派遣工作，毕业生就业协议是毕业生分配的具体体现。劳动合同是劳动者与用人单位确立的劳动关系，明确双方的权主体不同利和义务的合同。

2、主体不同

就业协议书主体有三方，毕业生、用人单位、高等院校。毕业生和用人单位是人才市场上的平等主体，双方经过供需见面，双向选择而达成协议。劳动合同的主体双方，则是劳动者和用人单位，用人单位和劳动者之间是管理和被管理的关系。

3、法律依据不同

毕业生就业协议是无名合同，适用《民法典》、国家有关毕业生就业分配的法律法规和其他相关政策规定，这个协议一经签订，各方应严格履行，任何一方要变动这个协议，需提前一个月取得另外两方面的同意，否则按违约处理。劳动合同是有名合同，适用《劳动法》、《劳动合同法》、《劳动争议调解仲裁法》等法律规范。

4、签订时间不同

一般来说就业协议签订在前，劳动合同订立在后。就业协议是毕业生在找工作过程中落实用人单位后签订的，就业协议的签订在学生离校前。劳动合同是毕业生到用人单位报到后订立的。如果毕业生与用人单位在工资待遇、住房等方面有事先约定，可在就业协议的约定条款中注明，附后补充，日后订立劳动合同时对此内容应予以认可。

5、适用的人员不同

劳动合同可以适用与各类人员。凡是中华人民共和国公民只要有劳动能力并符合法律规定的条件，经过供需见面双向选择，一经录用都可以与用人单位签订劳动合同。就业协议只适用与高校毕业生。

6、纠纷解决方式不同

毕业生因就业协议发生纠纷，任何一方均可以向人民法院提起诉讼，不能提请劳动争议仲裁。若因劳动合同发生纠纷，任何一方均可向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，当事人对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提请诉讼;仲裁是诉讼的前置程序，如当事人就劳动争议直接向人民法院起诉的，人民法院不予受理。就业协议书是教育部统一印制的，由毕业生、用人单位及毕业生所在高校三方签定的就业协议书，是在毕业生派遣之前签订的;而劳动合同是劳动者与用人单位之间签定的关于权利义务的法律文书，受劳动法的约束与保护，并且是在毕业生到单位报到后签定的。不论有何区别，但在就业协议书与劳动合同一经签定，都具备法律效力，不论是毕业生还是用人单位，都应当按照约定履行。

法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》第七条 用人单位自用工之日起即与劳动者建立劳动关系。用人单位应当建立职工名册备查。

《中华人民共和国劳动合同法》第十七条 劳动合同应当具备以下条款：

(一)用人单位的名称、住所和法定代表人或者主要负责人;

(二)劳动者的姓名、住址和居民身份证或者其他有效身份证件号码;

(三)劳动合同期限;

(四)工作内容和工作地点;

(五)工作时间和休息休假;

(六)劳动报酬;

(七)社会保险;

(八)劳动保护、劳动条件和职业危害防护;

(九)法律、法规规定应当纳入劳动合同的其他事项。

劳动合同除前款规定的必备条款外，用人单位与劳动者可以约定试用期、培训、保守秘密、补充保险和福利待遇等其他事项。